作者選擇鹽酸羥胺（HA）來處理樣品，因為它具有很強的親核性并且可以與游離甲醛反應使其失活并防止二次交聯。 質譜實驗發現，用甲醛處理的樣品具有席夫堿（+ 12Da），甲基（+ 14Da）和羥甲基（+ 30Da）修飾。 將HA添加到酸性TRIS緩沖液中以處理樣品。 加熱后，血管緊張素I的信號恢復，而在其他緩沖液中處理則降低信號。 HA處理后，甲醛修飾的人胰島素的質譜信號也發生了變化。
為了探索氨基酸對反應性的影響，作者合成了只有一個氨基酸差異的一系列肽。 Arg，Cys，Lys，Trp與甲醛具有很強的反應性，并且通過上述處理方法可以更大程度地去除甲醛對這些氨基酸造成的分子間修飾。 對于分子內交聯，在Lys上形成的席夫堿可以與Arg的胍基強烈反應，而HA可以減少交聯肽的質量。 其他氨基酸組合的分子內交聯的HA也顯示出更好的去除效果。
對于胰島組織的質譜成像，在正常條件下進行甲醛處理后無法檢測到典型的胰島肽，并且無需化學處理即可檢測到胰島素C。 用HA處理的樣品可以檢測胰高血糖素，胰島素和胰島素C肽，并且檢測到的分子符合胰島的空間分布。 胰島素信號出現在胰島中部的β細胞中，被α和γ細胞的信號特征所包圍，這表明該方法不會影響組織的形態。 這種方法對于存儲超過5年的胰島組織仍然有效。
